MISPA diresmikan dan mulai beroperasi sejak tahun 2006. Sampai sekarang telah memasuki tahun kedua. Target yang hendak dicapai MISPA adalah mempersiapkan kader-kader Qur’ani sejak kecil.
MISPA dalam keseharinya menerapkan tiga kurikulum; pertama kurikulum Depag (pembelajaran mata pelajaran wajib nasional seperti Bahasa Indonesia, Matematika, Bahasa Inggris dll). Kedua, kurikulum Muatan lokal, penekanan dari kurikulum kedua ini adalah upaya memperdalam ilmu-ilmu agama a la pesantren (teori dan praktik ibadah).
Pelajaran al-Qur’an dimulai dari Tahsin, Tartil sampai pada Tahfidz Al-Qur’an (juz ‘amma). Terakhir berupa kurikulum alam. Tujuan dari konsep ketiga ini ialah agar anak bisa mengenal dan menyayangi lingkungan alam sekitar sejak kecil. Salah satu caranya adalah siswa diajak praktik untuk merawat, menyiram, menata tanaman setiap pagi di laboratorium alam yang MISPA miliki. Kegiatan ekstrakurikuler yang ada meliputi Sains Club, olahraga, outbound, English Club dll.